Letak Geografis
Letak geografis Kabupaten Kepulauan Yapen berada pada Bujur Timur 134o56’21,708” dan 137o4,2’20,592”, Lintang Selatan -2o2,4’8,424” dan -1o23,4’19,548”. Dengan wilayah administratif adalah sebagai berikut :

Kabupaten Kepulauan Yapen mempunyai luas wilayah sebesar ± 7.146,16 Km2, luasan wilayah ini mencakup luas wilayah daratan dan perairan. Luas wilayah daratan adalah 2.432,485 km2 (34,04%) sedangkan luas wilayah perairan 4.713,672 km2 (65,96%). Jika diprosentasekan, luas wilayah kabupaten ini adalah 2,25% dari luas wilayah Provinsi Papua yakni 317,062 km2.

Secara adminstrasi Kabupaten Kepulauan Yapen awalnya terdiri atas 7 wilayah distrik (setingkat kecamatan) yang berjauhan dan mengingat rentang kendali pemerintahan yang selama ini menjadi kendala bagi pelayanan kepada masyarakat yang berada di kampung-kampung, maka saat ini telah dimekarkan menjadi 12 distrik, 5 kelurahan dan 106 kampung.

Sebelah Utara berbatasan : Kabuten Biak Numfor di Selat Sorenarwai;
Sebelah Selatan berbatasan : Kabupaten Waropen di Selat Saireri;
Sebelah Barat berbatasan : Kabupaten Manokwari di Selat Gelvink Bay;
Sebelah Timur berbatasan : Kabupaten Sarmi dan Jayapura di Sungai Mamberamo.

NO DISTRIK LUAS (KM2) PERSENTASE (%)
Daratan Perairan Jumlah Daratan Perairan Total
1 Yapen Timur 168,96 224,22 393,17 42,97 57,03 5,50
2 Yapen Utara 386,41 389,17 775,58 49,82 50,18 10,85
3 Teluk Ampimoi 266,04 185,59 451,63 58,91 41,09 6,32
4 Raimbawi 201,42 684,10 885,52 22,75 77,25 12,39
5 Angkaisera 159,06 18,33 177,39 89,67 10,33 2,48
6 Kepulauan Ambai 27,39 273,98 301,37 9,09 90,91 4,22
7 Yapen Selatan 58,28 82,13 140,42 41,51 58,49 1,96
8 Kosiwo 362,79 243,86 606,66 59,80 40,20 8,49
9 Yapen Barat 243,16 550,20 793,36 30,65 69,35 11,10
10 Wonawa 213,78 1.197,20 1.410,99 15,15 84,85 19,74
11 Poom 123,16 607,23 730,39 16,86 83,14 10,22
12 Windesi 222,04 257,65 479,69 46,29 53,71 6,71
Kepulauan Yapen 2.432,49 4.713,67 7.146,16 100,00
Sumber: Pembuatan Peta Blueprint Kabupaten Yapen Waropen, 2008 dan Perhitungan GIS, 2009

Distrik Wonawa merupakan daerah terluas dengan luas wilayah daratan dan lautan sebesar 1.410,99 Km2 (19,74% dari luas Kabupaten Kepulauan Yapen), sedangkan Distrik Yapen Selatan merupakan Distrik terkecil dengan luas wilayah daratan dan lautan 140,42 Km2 (1,96% luas Kabupaten Kepulauan Yapen).