Sebagian besar Wilayah Kabupaten Kepulauan Yapen berbukit dan bergunung-gunung dan sebagian kecil wilayah dengan kondisi datar dan landai terutama pada bagian Timur dan bagian Barat pulau Yapen. Tingkat kemiringan lahan sangat bervariasi mulai dari yang datar, bergelombang hingga pada berbukit. Tingkat kemiringan lahan antara 0 – 40% yang disebut sebagai daerah pantai, sedangkan kemiringan lahan antara 40 – 60% adalah kemiringan lahan yang disebut sebagai daerah bergelombang hingga berbukit, lahan ini lebih dominan sekitar pulau Yapen. Ketinggian wilayah pantai berada pada kisaran 0 – 10 m diatas permukaan laut, sedangkan bagian tengah berada pada ketinggian 200 – 1.500 m diatas permukaan laut.
Berdasarkan pembagian wilayah administrasi, dari jumlah 111 kampung yang di wilayah kabupaten ini, lebih dari 85% (95 kampung) berada dalam jarak 1 km dari garis pantai, sekitar 13% (14 kampung) berada dari garis pantai antara kisaran 1-5 km dan sisanya berjarak lebih dari 10 km dari garis pantai, yaitu 2 kampung di Distrik Kosiwo yakni Kampung Mambo dan Kampung Ambaidiru.
Jarak Pusat Kampung (Desa) dari Garis Pantai Kabupaten Kepulauan Yapen
No Distrik Jarak dari Pantai (Km) Jumlah
0-1 1-2 2-3 3-4 4-5 >5
1 Yapen Timur 9 9
2 Yapen Utara 6 6
3 Teluk Ampimoi 8 8
4 Raimbawi 8 1 9
5 Angkaisera 9 3 2 14
6 Kepulauan Ambai 10 10
7 Yapen Selatan 8 3 1 2 14
8 Kosiwo 6 6
9 Yapen Barat 7 1 2 10
10 Wonawa 7 1 8
11 Poom 11 11
12 Windesi 6 6
Kepulauan Yapen 95 7 4 2 1 2 111
Sumber : Perhitungan GIS, 2009
