Keadaan iklim di Kabupaten Kepulauan Yapen dipegaruhi oleh letak astronomis dan letak geografis. Menurut klasifikasi Smitch dan Ferguson kabupaten ini tergolong beriklim tropis atau disebut iklim tropis basah. Hal ini ditandai dengan kelembaban yang tinggi, suhu udara yang setiap hari berubah-ubah sepanjang tahun, serta musim hujan yang dipengaruhi oleh musim barat, timur dan selatan.
Pada umumnya suhu dan kelembaban udara di Kabupaten Kepulauan Yapen Cenderung tinggi. Hal ini terlihat pada keadaan temperatur suhu udara rata-rata pertahunya mencapai 280oC dengan suhu udara minimum rata-rata 240oC dan suhu udara maksimum rata-rata mencapai 320oC. kelembaban udara rata-rata mencapai 79,9-83,2 mm/tahun dengan tekanan udara 1.009 mm/tahun.