Organisasi Perangkat Daerah
- Sekretariat DPRD
- Inspektorat Kabupaten
- Dinas Pendidikan
- Dinas Kesehatan
- Dinas Pekerjaan Umum dan Penataan Ruang
- Dinas Perumahan Rakyat dan Kawasan Pemukiman
- Dinas Sosial
- Dinas Tenaga Kerja dan Transmigrasi
- Dinas Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak
- Dinas Ketahanan Pangan
- Dinas Lingkungan Hidup
- Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil
- Dinas Pemberdayaan Masyarakat Kampung
- Dinas Pengendalian Penduduk dan Keluarga Berencana
- Dinas Perhubungan
- Dinas Komunikasi dan Informatika
- Dinas Koperasi dan Usaha Kecil Menengah
- Dinas Koperasi dan Usaha Kecil Menengah
- Dinas Penanaman Modal dan Pelayanan Terpadu Satu Pintu
- Dinas Pemuda dan Olahraga
- Dinas Kebudayaan
- Dinas Perpusatakaan dan Kearsipan
- Dinas Perikanan
- Dinas Pariwisata
- Dinas Pertanian
- Dinas Perdagangan
- Dinas Perindustrian
- Satuan Polisi Pamong Praja
- Badan Perencanaan dan Pembangunan Daerah
- Badan Penelitian dan Pengembangan Daerah
- Badan Pengelolaan Keuangan dan Asset Daerah
- Badan Pelayanan Pajak dan Retribusi Daerah
- Badan Kepegawaian, Pendidikan dan Pelatiha
- Badan Penanggulangan Bencana Daerah
- Distrik Yapen Selatan
- Distrik Yapen Timur
- Distrik Yapen Barat
- Distrik Angkaisera
- Distrik Poom
- Distrik Yapen Utara
- Distrik Raimbawi
- Distrik Teluk Ampimoi
- Distrik Kepulauan Ambai
- Distrik Wonawa
- Distrik Windesi
- Distrik Pulau Kurudu
- Distrik Pulau Yerui
- Distrik Kosiwo
- Distrik Anotaurei
- Distrik Yawakukat
- Distrik Yawakukat
- Badan Kesatuan Bangsa dan Politik
- Sekretariat Dewan Pengurus KORPRI
