Wilayah Kabupaten Kepulauan Yapen banyak terdapat aliran sungai baik yang berbentuk kecil, sedang hingga besar. Sungai-sungai tersebut berada pada pesisir pantai selatan dan utara pulau Yapen. Keberadaan sungai-sungai tersebut dapat dijumpai di beberapa tempat antara lain Dawai, Warironi, Wabuayar, Kainui (Sungai Wadiati, Sungai Kainui, Sungai Umburwai), Serui (Mantembu – Mariadei), Aromarea, Tatui, Ariepi (Sungai Manawati), Kamanap, Kanawa, Sasawa, Kairawi, Papuma, Ansus, Artunai, Woinap, dan Mariarotu. Aliran sungai-sungai tersebut bermuara ke teluk Cenderawasih (Saireri). Selanjutnya sungai-sungai yang berada di sekitar Poom, Marau, Munggui, Windesi, Kaonda, Ariobu, Sarderi, Artaneng, Doreimanona dan Yobi mengalir bermuara ke Utara Selat Yapen.
Umumnya sungai-sungai yang terdapat di Kabupaten Kepulauan Yapen oleh masyarakat setempat dimanfaatkan sebagai sumber mata air untuk kebutuhan kehidupan sehari-hari, sumber mata pencaharian penduduk, kegiatan pertanian dan juga dimanfaatkan sebagai sarana perhubungan transportasi.
Menurut hasil kajian Master Plan Rehabilitasi Hutan Dan Lahan Kabupaten Kepulauan Yapen Tahun 2002 diprediksi bahwa bencana banjir yang terjadi dan yang akan sering terjadi di Ibukota Kabupaten Kepulauan Yapen disebabkan oleh aliran sungai yang ada di wilayah Kepulauan Yapen sehingga perlu diperhatikan kondisi pengembangan kewilayahan dan perencanaan pembangunan jangka panjang Kabupaten Kepulauan Yapen terhadap kondisi Daerah Aliran Sungai (DAS) dengan kondisi sebagai berikut :
Pembagian Daerah Aliran Sungai (DAS) Sub-Daerah Aliran Sungai di Kabupaten Kepulauan Yapen
Sub DAS Sub-Sub DAS Luas Letak dalam Distrik
Inggersau Ingersau 21,403 Yapen Timur
Natuwari 27,140 Yapen Timur, Angkaisera
48,543
Warui Biua 24,421 Yapen Barat, Yapen Selatan, Yapen Utara
Jaimaria 48,354 Yapen Barat, Yapen Selatan, Yapen Utara
Miosnum 10,096 Yapen Utara
82,871
Marau Dore 41,432 Angkaisera, Yapen Selatan, Yapen Timur
Mariadei 100,053 Angkaisera, Yapen Selatan, Yapen Timur
141,485
Sumber: Master Plan Rehabilitasi Hutan dan Lahan Kab. Kepulauan Yapen Tahun 2002
