Bupati dan Wakil Bupati dari Masa ke masa
| BUPATI 1 | Drs. SARWOTO KERTODIPURO
Sebagai Kepala Daerah Tk.II Yapen Waropen Periode 1969 – 1971 |
| BUPATI 2 | YAN LEONARD WORUMI
Sebagai Kepala Daerah Tk.II Yapen Waropen Periode 1971 – 1974 |
| BUPATI 3 | Drs. ANDI ISMAIL
Sebagai Kepala Daerah Tk.II Yapen Waropen Periode 1974 – 1979 |
| BUPATI 4 | ANDREAS KARMA
Sebagai Kepala Daerah Tk.II Yapen Waropen Periode 1979 – 1984 |
| BUPATI 5 | ANDREAS KARMA
Sebagai Kepala Daerah Tk.II Yapen Waropen Periode 1984 – 1989 |
| BUPATI 6 | Drs. LABAN SAMORI
Sebagai Kepala Daerah Tk.II Yapen Waropen Periode 1990 – 1994 |
| BUPATI 7 | Drs. LABAN SAMORI
Sebagai Kepala Daerah Tk.II Yapen Waropen Periode 1994 – 1999 |
| BUPATI 8 | Drs. PHILIPS WONA dan Drs.MUHAMAD NAWAWI
Sebagai Kepala Daerah Tk.II Yapen Waropen Periode 1999 – 2004 |
| BUPATI 9 | Ir. DAUD SOLEMAN BETAWI dan Drs. DECKI NENEPAT
Sebagai Bupati dan Wakil Bupati Kabupaten Kepulauan Yapen Periode 2005 – 2010 |
| Drs. DECKY NENEPAT
Sebagai Bupati Kabupaten Kepulauan Yapen Periode 2005 – 2010 (pergantian antar waktu) |
|
| BUPATI 10 | TONNY TESAR, S.Sos dan FRANS SANADI, B.Sc,S.Sos, MBA
Sebagai Bupati dan Wakil Bupati Kepulauan Yapen Periode 2012 –2017 |
| BUPATI 11 | TONNY TESAR, S.Sos dan FRANS SANADI, B.Sc,S.Sos, MBA
Sebagai Bupati dan Wakil Bupati Kepulauan Yapen Periode 2017 –2022 |
| BUPATI 12 | BENYAMIN ARISOY, SE, M.Si dan ROI PALUNGA
Sebagai Bupati dan Wakil Bupati Kepulauan Yapen Periode 2025 –2030 |