LEMBAGA PEMERINTAH DAN NON PEMERINTAH

A. MUSPIDA
Meliputi :
1. Bupati
2. Wakil Bupati
3. DPRD Kabupaten Kepulauan Yapen
4. Komando Distrik Militer 1709 Kepulauan Yapen
5. Kepala Kepolisian Resor Kepulauan Yapen
6. Kepala Kejaksaan
7. Ketua Pengadilan
8. Sektertaris Daerah

B. STAF AHLI BUPATI
Meliputi :
1. Staf Ahli Bupati Bidang Pemerintahan
2. Staf Ahli Bupati Bidang Hukum dan Politik
3. Staf Ahli Bupati Bidang Pembangunan
4. Staf Ahli Bupati Bidang Kemasyarakatan dan SDM
5. Staf Ahli Bupati Bidang Ekonomi dan Keuangan

C. ASISTEN DAN BAGIAN
Meliputi :
1. Asisten Pemerintahan
2. Asisten Perekonomian, Pembangunan dan Kesra
3. Asisten Administrasi dan Umum
4. Bagian Tata Pemerintahan
5. Bagian Hukum
6. Bagian Humas dan Protokoler
7. Bagian Perekonomian
8. Bagian Administrasi Pembangunan
9. Bagian Kesejahteraan Rakyat
10. Bagian Umum
11. Bagian Tata Usaha Keuangan
12. Bagian Organisasi

D. SATUAN KERJA PERANGKAT DAERAH (SKPD)
Meliputi :
1. DINAS
a. Dinas Kesehatan
b. Dinas Sosial, Tenaga Kerja dan Transmigrasi
c. Dinas Pekerjaan Umum dan Perumahan
d. Dinas Kehutanan
e. Dinas Kebudayaan dan Pariwisata
f. Dinas Pendidikan, Pemuda dan Olahraga
g. Dinas Perhubungan
h. Dinas Koperasi dan Perindag
i. Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil
j. Dinas Perkebunan
k. Dinas Pertanian dan Peternakan
l. Dinas Kelautan dan Perikanan
m. Dinas Pendapatan, Pengelola Aset dan Keuangan Daerah
n. Dinas Komunikasi dan Informatika
o. Sekretariat DPRD
p. Sekretariat Daerah

2. BADAN
a. Badan Kesatuan Bangsa, Politik dan Perlindungan Masyarakat
b. Inspektorat Daerah
c. Badan Perencanaan Pembangunan Daerah
d. Badan Pemberdayaan Masyarakat dan Pemerintah Kampung
e. Badan Lingkungan Hidup
f. Badan Kepegawaian, Pendidikan dan Pelatihan Aparatur
g. Badan Penanggulangan Bencana Daerah

3. KANTOR
a. Kantor Kebersihan, Pertamanan dan Pemadam Kebakaran
b. Kantor Perpustakaan dan Arsip Daerah
c. Kantor Pelayanan Perijinan Terpadu dan Penanaman Modal
d. Kantor Pemberdayaan Perempuan dan Keluarga Berencana
e. Kantor Penyuluhan dan Ketahanan Pangan
f. Satuan Polisis Pamong Praja
g. Rumah Sakit Umum Daerah

E. DISTRIK DAN KELURAHAN
Meliputi :
1. Distrik Yapen Selatan
2. Distrik Yapen Barat
3. Distrik Yapen Timur
4. Distrik Yapen Utara
5. Distrik Angkaisera
6. Distrik Poom
7. Distrik Kosiwo
8. Distrik Windesi
9. Distrik Kepulauan Ambai
10. Distrik Teluk Ampimoi
11. Distrik Raimbawi
12. Distrik Wonawa
13. Distrik Pulau Kurudu
14. Distrik Pulau Yerui
15. Kelurahan Serui Kota
16. Kelurahan Serui Jaya
17. Kelurahan Anotaurei
18. Kelurahan Tarau
19. Kelurahan Ansus

F. INSTANSI VERTIKAL
Meliputi :
1. Kantor Departemen Agama
2. Kantor Pengadilan Agama
3. Badan Pusat Statistik
4. Kantor Pertahanan
5. Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Serui
6. Kantor Pelayanan Pajak
7. Kantor Perhubungan Udara Serui
8. Lembaga Pemasyarakatan Kelas II B Serui
9. Kantor SAMSAT Serui
10. Kantor Konservasi Sumber Daya Alam (Kehutanan)
11. Badan Meteorologi dan Geofisika

G. BUMN DAN BUMD
Meliputi :
1. Perusahaan Daerah Air Minum
2. PD. Irian Bhakti Serui
3. Bank BRI Cabang Serui
4. Bank Mandiri Cabang Serui
5. Bank Papua Cabang Serui
6. PT. Telkom Cabang Serui
7. PT. PELNI Cabang Serui
8. PT. PLN Ranting Serui
9. PT. Pertamina Depot Serui
10. LPP RRI Serui
11. LPP TVRI Serui
12. Kantor Pos dan Giro Serui
13. PT. ASKES (Persero) Cabang Serui
14. Kantor Dolog Serui