Transportasi antar Kabupaten dan Provinsi

Untuk pelayanan transportasi laut dengan rute antar kabupaten maupun provinsi dari dan menuju Kabupaten Kepulauan Yapen, pihak PELNI menyediakan jasa pelayaran berupa Kapal Laut seperti ; KM. Ngapulu, KM Labobar yang akan mengangkut penumpang ke beberapa daerah destinasi seperti ; Nabire, Jayapura, Manokwari, Sorong, Ternate, Bitung, Makasar, Surabaya dan Jakarta.